L’homme microbiotique


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Ouvrage: L’homme microbiotique – Les secrets de l’intestin

Auteur: Debré Patrice

Année: 2015

 

 

Introduction
C’était l’hiver. Il neigeait sur la campagne tourangelle. La porte de
l’atelier où se trouvaient entreposées les toiles de mon père, le peintre
abstrait Olivier Debré, laissait pénétrer quelques flocons qui venaient
fondre au pied d’une immense toile rouge. Blanc et rouge, nature et
abstraction lyrique, les couleurs qui auraient dû jurer de leurs contrastes
étaient comme assourdies.
J’avais rencontré Madame M., jeune conservatrice, et la recevais ce
jour-là dans ce lieu isolé car elle recherchait une oeuvre pour une
exposition dont elle était commissaire. Son attention, son choix surtout,
s’était portée sur la toile, d’un rouge profond construit autour de grands
aplats, qui était adossée à la charpente de la pièce. Mais l’oeuvre avait un
défaut. Elle était recouverte d’une sorte de voile translucide blanchâtre,
une fausse membrane, comme une seconde matière qui cachait l’intensité
et les valeurs du rouge. La toile en paraissait terne. La mue qui s’était
installée endommageait l’oeuvre et lui faisait perdre tout éclat. La décision
de la conservatrice était pourtant prise : le tableau lui paraissait
indispensable à l’exposition à venir et il fallait le restaurer. Sans doute aije
esquissé alors un geste trop vague, car elle insista. La toile était trop
longue, trop grande, trop fragile aussi, pour être déplacée. Il fallait faire la

restauration sur place et elle s’en chargerait. Le froid, l’hiver, les jours
enneigés à venir, aucun de mes arguments ne la dissuada.
Lorsque je revins quelques jours plus tard, la toile était d’un rouge vif,
carmin, contrastant magnifiquement avec la campagne blanche. La
pellicule avait disparu. La conservatrice guettait mon approbation ; elle
devina ma surprise. « J’ai recouvert la toile de ma salive, centimètre par
centimètre », dit-elle. Les enzymes et les microbes de sa bouche, le
microbiote buccal, avaient fait le reste. J’appris que ce procédé était utilisé
de toujours par les artisans pour raviver les couleurs. Les pages à venir
montreront que la flore microbienne de nos tissus et muqueuses a aussi
d’autres vertus et défis, quelle que soit la part que lui doit cet exploit…
L’homme abrite dans l’intestin des milliards de microbes qu’il nourrit
de son alimentation. Ceux-ci en retour renforcent ses moyens de lutte
contre les autres germes, ceux qui sont à l’origine des infections, en
stimulant le système immunitaire, ou contribuent à la digestion. Chacun
profite ainsi de l’autre avec un bénéfice réciproque. D’autres microbiotes,
semblables sinon strictement identiques, peuplent la trachée, les bronches,
le vagin, la peau. Cependant le partenariat dépasse l’échange. Il est à ce
point indispensable à l’homme que nul ne peut survivre sans ces bactéries,
virus, ou champignons qui prolifèrent en nous grâce à une extraordinaire
symbiose. Les maladies infectieuses ont fait des microbes des êtres
nuisibles et dangereux. Ils nous sont pourtant indispensables. Mais cette vie
en partage, qui est le résultat d’un subtil équilibre, n’est pas sans danger
lorsqu’il est rompu : les germes commensaux peuvent devenir néfastes.
Obésité, cancer, troubles du comportement ou allergie leur sont aussi
récemment rapportés lorsque le comportement ou la composition du
microbiote sont modifiés.
La connaissance du microbiote est faite de découvertes disparates et
fragmentées. Ce livre présente pour la première fois les mille et une
facettes de la vie en commun de l’homme et des microbes, qui est une des

plus fascinantes énigmes de l’histoire du vivant. Tenter d’en révéler
quelques-uns de ses aspects, c’est entrer au coeur du mystère, dévoiler que
l’homme n’est pas seul mais doit aux multitudes de micro-organismes qui
vivent pour lui et avec lui, d’avoir franchi les milliards d’années qui nous
séparent de leur première rencontre. Au-delà, il y a pour celui qui observe,
l’étrange, la fascinante aventure du système immunitaire qui se façonne et
se moule autour des signaux que lui procurent les germes, tolère ces
micro-organismes étrangers, mais réagit aux dangers qu’ils peuvent
induire. J’ai souhaité précisément apporter ce regard de l’autre, de
l’immunologiste, en éveil à ces multiples avancées des sciences de la vie et
de leur histoire, pour tenter de comprendre et de faire comprendre les
rapports de l’homme et des microbes qui le peuplent et sont indispensables
à la survie de cette étrange chimère.
Ce livre est construit autour des bienfaits et des risques de leur vie en
commun, de leurs menaces, des défis aussi. Avoir plus de bactéries en
nous que de cellules somatiques, celles qui composent nos organes, nous
oblige à quelques devoirs et avant tout à les connaître… Le début de
l’ouvrage reprend quelques-unes des notions qui sont utiles pour
comprendre ce partenariat entre hommes et microbes qui font de la
bactérie le héros du livre, même si l’homme en tourne les pages. Cette vie
en partenariat peut paraître une étrange nécessité pour tous ceux qui lisent
ou vivent chaque jour les risques d’Ebola et les perspectives des
nombreuses autres épidémies qui menacent la planète. C’est pourtant ainsi.
Les microbes sont ambivalents : tantôt ils nous menacent et nous
détruisent, tantôt ils nous aident à vivre. Leur finalité est peut-être
l’association durable, les maladies et morts qu’ils nous infligent ne sont
sans doute que des états intermédiaires, des circonstances passagères qui
préexistent à une intégration pacifique. Le mutualisme, le commensalisme
des microbes qui vivent en nous ne sont-ils pas l’étape ultime, un partage
des richesses, l’entente cordiale après la fin des combats ? Ainsi les

germes les plus virulents s’atténuent et deviennent chroniques. À trop
vouloir détruire, les microbes ne peuvent survivre.
Un destin qui illustre une telle évolution est celui d’un rétrovirus qui
attaque les koalas d’Australie depuis une centaine d’années. Les chercheurs
ont fait à leur propos une série de découvertes étonnantes. Dans certains
cas il donne des leucémies qui déciment ces animaux. Mais chez certains le
rétrovirus est totalement intégré au génome et se transmet sans dommage
par les cellules germinales, de sorte qu’il n’est dangereux que pour une
partie des marsupiaux. Pour les uns, il est un risque mortel, pour les
autres, un bénéfice évolutif. Tout semble indiquer que ces animaux sont le
témoin des différentes étapes, en temps réel, depuis l’interaction féroce
entre le virus exogène et l’hôte, suivie de l’épidémie meurtrière, puis du
partenariat symbiotique, et enfin de la fusion des deux génomes, avec un
nouvel héritage génétique qui est la somme des deux génomes 1. Le
microbiote de l’homme partage de même avec son hôte bénéfice et risque.
Les mitochondries, petits organites de nos cellules, dont on pense qu’il
s’agit de bactéries ancestrales qui vivent en symbiose, ou encore les
rétrovirus intégrés à nos génomes sont sans doute les premières formes de
mutualisme entre l’homme et les microbes. Mais il est probablement
indispensable que tout ne soit pas intégration et que la symbiose entre
organismes distincts, sinon distants, puisse continuer d’exister pour
favoriser la biodiversité.
On peut ainsi regarder l’évolution des espèces, non par le seul biais de
la dynamique décrite par Darwin, qui va de la racine aux extrémités des
embranchements, mais sous l’angle de l’union d’organismes différents, de
génomes disparates évoluant pour leur propre compte, mais que la
symbiose sélectionne pour un avantage évolutif de l’ensemble. La science
découvre chaque jour les innombrables ramifications de la vie des
microbes partagées avec l’homme. Mieux connaître la symbiose de
l’homme et des microbes, est sans doute, tout autant que la lutte contre les

infections, le moyen d’affronter les périls à venir. L’environnement de nos
muqueuses, les sueurs et odeurs de l’homme sont une proie et une
conquête pour ce monde des microbes qui recycle la vie, mais c’est aussi
une vie en nous au bénéfice de notre condition humaine, sans laquelle nous
ne pourrions exister.

 

CHAPITRE PREMIER
Ces microbes qui nous gouvernent

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